Die Entsorgung sollte immer in Übereinstimmung mit den örtlichen, staatlichen, bundesstaatlichen und provinziellen Vorschriften erfolgen. Je nach Konzentration werden einige Peroxidlösungen als Oxidationsmittel und/oder als ätzend eingestuft, sowohl in Bezug auf den pH-Wert als auch auf die Ätzwirkung. Wenn dies der Fall ist, können Genehmigungen zur Behandlung von Peroxid für die anschließende sichere Entsorgung erforderlich sein.
Einige biologische Abfallbehandlungssysteme vor Ort können problemlos Wasserstoffperoxidkonzentrationen von bis zu 100 ppm tolerieren, und in einigen Fällen kann die Zugabe von Peroxid die Belüftungssysteme verstärken. Dieser Prozess wird durch das Vorhandensein von Übergangsmetallen, Bakterien, Katalase und einen alkalischen pH-Wert beschleunigt. Es ist jedoch zu beachten, dass sich durch die natürliche Zersetzung in einigen ungewöhnlichen Fällen Sauerstoff in den Rohren und Behältern ansammeln kann, wodurch das Potenzial für explosive Mischungen mit Methan oder anderen brennbaren Gasen entsteht.